《仙剑奇侠传三》故事发生在《仙剑》第一代的五十年前，那时候，李三思刚刚发出赤子的第一声啼哭；巫后还是襁褓中的婴儿，而剑圣，则还没有拜入蜀山修仙……　 事情的起因是从锁妖塔顶端突然坍塌，封印被解除开始的，但是，更深层的因果却要追溯到千年前的神界。 神将军飞蓬与魔将军重楼因两界的冲突而屡屡交手，一直难分胜负，两人逐渐有惺惺相惜之意。 重楼提出要和飞蓬在自己发现的一处新仙界中决斗，一较高下，飞蓬碍于神界天规而犹豫再三，最终经不起重楼诱惑而答允。 两人势均力敌，比试旷日持久，最终惊动了天庭，天帝派兵捉拿飞蓬问罪，飞蓬因感知到追兵将至而分心，佩剑被重楼打落人间而落败…… 光阴荏苒，飞蓬被神界问罪贬为人，经过多次转世成为渝州唐门新安当铺伙计景天。 同时，重楼一直想和飞蓬完成那场未打完的决斗，于是来到人间，滋扰蜀山，想要帮飞蓬找回佩剑，无意中毁坏了锁妖塔，偶然得到了飞蓬在人间第一世——姜国太子龙阳铸炼的魔剑。 景天结识了唐门小姐雪见，后重楼寻到景天，向他发起挑战，并将魔剑给予了景天，从此景天改变了自己的生活。 一开始被卷入雪见家族的内部斗争以及霹雳堂的毒人事件之中，而后与蜀山大弟子长卿被蜀山派往天界天池销毁五位长老的邪念，但是由于长卿的一时心软，却给六界带来了一场劫难…… 一直隐藏在魔剑中的鬼魂化身而出，竟然是景天前世龙阳的妹妹龙葵。 几个人的情爱纠葛，生离死别反复交织纠缠，雪见的离奇身世，紫萱不为人知的秘密，长卿几世的离奇回忆，龙葵长久以来的心中愿望……伴随着人类与妖界死生存亡的争斗，而其实人的欲望，才是所有纷争的本源。

一段唏嘘的爱情故事，一个永恒的记忆，穿越时空，触动灵魂。 李逍遥，小渔村中的店小二。人如其名，自在逍遥，普天之下皆是他的耍物。 一段机缘巧合，相逢隐居仙岛躲避追杀的南诏公主赵灵儿，因一面之缘，永结连理。 逍遥护送灵儿回苗疆寻母，一番误闯，半路上杀出了刁蛮千金林月如。 从此，三人的命运紧紧相系，再不分开。 南招国拜月教主妄图侵占中原，为达目的不惜挑起黑白月两族仇杀，更召唤出太古时代被封印的水魔兽，引发洪水淹没...

《仙剑奇侠传》（简称仙剑）是由大宇资讯于1995年7月出品的角色扮演游戏，故事以古代中国为背景，以武侠为题材，宿命为主轴。

太古神农大神诞生时，天下伴有九泉相生。九泉各具异能，乃是滋生万物的源。后人神兽三族大战，最终以兽族不敌人神联军战败而收场。蚩尤引兽族入魔界，人神魔三界自此隔阂。大战之后，神农和九泉便不知所踪。时光流逝，九泉的传说也逐渐被遗忘。 越今朝和越祈为了寻找某样丢失的东西，来到了西域古城。尘封的秘密将再度被揭示。太古沉睡的巨兽破海而出，展翼千里，迅游天际。而脑海中不知名的女子之声，却令它感到迷惑。 正武、启魂、衡道、禺妖，几大势力接踵而至，谁才是真正的幕后设局人。计中有计，局中有局。不惜舍身改命，只为今朝再聚。

二十年前，净天派因受到邪派卢戎部落长老的挑拨，与武林为敌，受到武林四大家族和蜀山围攻。教主姜世离送走已怀身孕的妻子欧阳倩，自己被蜀山镇压在禁洞中。二十年后，姜世离之子姜云凡偶遇身患怪病的唐雨柔、女娲后人小蛮及夜叉族二皇子龙幽后，他是净天派教主姜世离的儿子的消息不胫而走。被视为姜世离孽子的他，成为各家追杀的对象。

十九年前，琼华派利用望舒和羲和双剑网缚妖界，从中夺取灵力，引发人妖大战，双方伤亡惨重。琼华派弟子云天青和夙玉因对琼华派修仙理念产生分歧，离开琼华，来到青鸾峰生下一子云天河。没多久夙玉去世。年幼的云天河并不清楚父母的往事，父亲云天青也因病去世，只留他一人在山上长大。云天河邂逅闯入父母墓室的少女韩菱纱，一同下山寻找父母的过去。半途又与另一女孩柳梦璃相识。云天河为了了解父亲的过去，遂与韩菱纱、柳梦璃一同拜入昆虚琼华派成为门下弟子。琼华派让年纪相仿的慕容紫英教授他们，四人成为伙伴。随着他的身世渐渐被揭开，让原本惺惺相惜的四人陷入了深深的痛苦与迷茫，最终云天河携手挚友，走上逆天改命之救世之路的故事。

蜀山派弟子司徒钟自创“酒神”剑法。某日，司徒钟在取酒途中偶然出手相救风小絮。奈何风小絮被大妖燎日控制心神，蛊惑司徒钟，致使蜀山大乱。最终司徒钟和燎日仙儿展开了一场大战，怒杀恶人，完成复仇。