在这神秘失踪的六年间，其实“超人”是去自己的故乡氪星寻找其他和自己一样的幸存者，不幸的是，他一个人都没有找到。当“超人”以克拉克·肯特的身份重返地球后，这个曾经得到过人们最大敬意的超级英雄，已经渐渐被世人所遗忘。人们甚至开始反思，“超人”到底是在拯救世界、还是制造麻烦？在反战呼声日益高涨的现代社会，“超人”的回归无疑等于为世界的安定和平埋下了一枚定时炸弹……

遥远的宇宙深处，随着氪星的毁灭，超人的传奇故事拉开序幕。氪星人乔·艾尔（罗素·克劳 Russell Crowe 饰）抵死反抗佐德将军（迈克尔·珊农 Michael Shannon 饰）的邪恶计划，冒险将刚出生不久的儿子卡尔·艾尔被送到银河系另一边的地球。卡尔降落在美国堪萨斯一座小镇，他幸运地成为乔纳森·肯特（凯文·科斯特纳 Kevin Costner 饰）和玛莎（黛安·莲恩 Diane Lane 饰）的养子，并且得名克拉克。克拉克从小显露出与众不同的能力与特征，但这些带给他惊讶的同时还有数不清的烦恼。通过养父的引导，克拉克（亨利·卡维尔 Henry Cavill 饰）慢慢弄清自己的身世以及所肩负的使命。终于有一天，遥远的故乡“同胞”莅临。

超人们告别了小宅从过去回到现在，继续守护星星球。然而现在的星星球有更大危机等着他们：司令寄给大怪一个神奇的披风，能拿出很多道具增强怪兽的能力，好让大大怪和小小怪更容易侵略星星球！ 为了应付这个危机，超人也继续在超星学院提升自己的技能，更好地守护这个星球。同时，一直离开的战神伽罗因被宇宙神医——医神复活，重新回到超人的团队，与小心超人一起并肩作战，大家一起守护星星球！