攻壳机动队，战后世界，电子化共生。

在不久的将来，不论网络如何先进，政治分裂和人种差异仍然存在…… 　　一名叫代田的男子向盖佛共和国（Gaffle epublic）的外交官提出政治庇护的要求，遭到日本外交部下属的六组（谈判组）组长的反对。当六组正在和该外交官交涉时，九组的上校从天而降，击毙了外交官。实际上这是帮的六组的忙。因为代田是外交部的一项名为2501计划的主要设计者，而该计划现在出了问题，六组自然不会放他到国外而泄露秘密。 　　2501计划—即“Puppet Master”，中文称作“傀儡王”，是外交部用来消灭异己的工具。他象一个病毒，安装程序在特定的Ghost之中来控制他人，以达到外交部不可 告人的政治目的，所以称为 Puppet Master。 　　然而傀儡王在穿越网络的过程中渐渐察觉 他自己的存在，产生了自我的意识，对六组来说就是失控了，所以六组很着急将他抓回来。 　　击毙盖佛共和国的外交官的上校是麦格公司制作的带有人脑细胞的机器人，是九组的特工人员，同在一起的还有巴特和一名由警署调来的德古沙，后者是九组除了组长以外的唯一一个基本保持原有身体的人。 正当外相和盖佛共和国就要举行密谈的时候，Puppet Master 侵入了外相的翻译…