故事根据民间传说“钟馗伏妖”故事改编。每逢千年便有日食天象，届时更是昆仑山灵力最弱，阴气最盛之时。此时，昆仑山魔井开启，魔能涌出，万妖出动。妖魔或附身于常人，夜间吸食人类阳气，被侵蚀的人们诡异而凶残；或化为人形捕食人类。恐怖灵异事件不断，你我之间难分人妖，人间如地狱般阴郁恐怖。终南山进士钟馗不惧邪祟，与师傅一起斩妖除魔，却发现在妖身后，还有更惊人、更令人恐惧、更令他难以抉择的真相在等待着他…

本故事从人间伏妖师钟馗为救被掳走的妹妹，他被迫卷入天庭权斗，在历经背叛与成长后，他最终超越个人恩怨，以身合道，但在绝对的秩序与混沌之间，他将如何为三界重铸一条充满生机的平衡之路······

《伏妖师钟馗·渡劫记》讲述了天才伏妖师钟馗的成长与守护之路。钟馗因自负追捕狐妖，不慎摧毁百年书院，道心受损。妹妹钟藜为寻母亲下落施展招魂术，灵魂却被地府判官魍魉判夺走，沦为炼制禁忌摄魂丹的药引。为救妹妹，钟馗怒闯地府，意外觉醒钟家血脉，被玉帝招安，实则成为开启忘川河上古封印、扳倒权臣镇渊真君的关键。镇渊追求绝对秩序，意图用摄魂丹抹杀众生情感，将钟馗视为眼中钉。天庭中，钟馗被托付给颓废却深藏不露的教化司仙官玄枵。玄枵曾因揭发镇渊痛失爱徒，起初仅将钟馗当作复仇工具，后被其纯粹的守护之心打动，悉心教导他洞察人心、运用规则，二人从抵触渐成师徒与战友。在玄枵引导下，钟馗学会观气心法，调查摄魂丹网络，结识妖族盟友，却因镇渊离间与玄枵决裂。最终二人坦诚相对，携手潜入忘川河遗迹对决镇渊。