电视动画《青年黑杰克》改编自手冢治虫原作《怪医黑杰克》，故事向前追溯到1968年，当学生运动愈演愈烈之际，某大学的医学部出现了一个奇怪的男子。他有着黑白相间的头发，全身到处都是伤痕，而带着伤疤的脸也成为注册商标。这个男人为了获得医师资格证而学习，他的名字是间黑男，并且他通过自己天才的能力，创造了无数的奇迹。并且被后人称为黑杰克。

黑杰克，本名间黑男。从小父母离异，留下母亲独自照顾他。某日与母出游，因为工程商的人为疏失，导致母子误踩未爆弹引起爆炸。母亲送医后不治，他也受重伤濒临死亡。幸亏本间丈太郎医师的高明医术救活了他。当下，他立下了两个志愿：成为像本间医师一样的一流外科医师与报复杀死母亲的工程商……